以收藏金石铜器著称于世，据其自称：“回忆四十年中所搜罗，加以亲知投赠，虽不敢自夸其富，抑亦一生心血所积也。”2他收藏有册册父乙鼎、吴父王壶、师酉敦、庚鼎、商盘、田父卣等六七百种吉金，其中最为珍秘的是齐侯罍。在咸丰年间（1851-1861）。吴云因藏有原苏州曹秋舫怀米山房旧藏的西周齐侯中罍，特筑抱罍室收藏此器；同治年间（1862-1874），又得一件阮元积古斋旧藏齐侯罍。因其藏有齐侯罍两件，故将所居西馆题为“两罍轩”。抱罍室与两罍轩两块匾额均由何绍基为其书写。
西周的齐侯罍“器高今尺1尺2分，深8寸7分，底径5寸8分，腹围2尺2寸，腹径6寸7分，口径4寸3分，环径2寸7分。重今库平160两左右，饕餮衔环”。器形呈束颈宽腹圈足式，两侧有饕餮衔环。铭文在腹内，且器面剥蚀，罍文间有漫漶，难以辨识。此罍为周代青铜名器，是“齐侯朝于王，王为立乐，因报聘于齐，陈氏为作部乐祭于庙，以迎天子之宾，而行饗礼之事”。存铭文160余字，原为阮元旧藏。另一西周齐侯中罍，原为曹秋舫旧藏，存铭文140余字。此二器大同小异，盖同时而作。齐侯罍是记飨礼，齐侯中罍是记飨礼，二罍现藏在上海博物馆。吴云得此两件宝罍，可谓“煊赫于时，为世大宝”，名声大振。同治壬申（1872）三月，晚清著名金石文字学家、大收藏家、山东潍县的陈介祺对于齐侯两罍铭文心仪已久，慕名来信向吴云索要拓本，二罍及新得之器均求精拓悉寄”。
四月，吴云致陈介祺信中曰：“弟入官后虽一行作吏，而簿书之暇日仍与翰墨为缘。癸丑庚申两遭兵燹，旧藏散失过半，而乱后搜罗新得，颇亦不少。积古斋中齐侯罍之外如师酉敦、禄康钟、歐尊、虎卣等器，载于款识者约二十种尽在寒斋。嘉兴张氏‘清仪阁’中汉印四百钮，沈匏翁古镜百余面，亦均为弟所有……承询拙著，庚申之变已梓者固片版无存，所有丛残稿本及藏书五万卷亦全陷贼中。金石书画约存十之四五，合之新得尚足自娱。
十年以来专注者惟《两罍轩吉金图释》一书，其中颇有所发明，或希冀可以传后……”吴云还藏有师酉敦器，与两罍同闻名于世，故其有“师西二敦之斋”收藏印。师酉敦“器高今尺4寸7分，深3寸2分，口径5寸4分，腹径6寸8分，围2尺1寸1分，底径5寸8分。重今库平112两。铭文有108字”。
吴云、陈介祺、潘祖荫、吴大澂、张廷济、叶志诜、鲍康、王懿荣都是当时古玩界大腕、收藏大家，也是晚清至民国青铜器收藏和研究的中坚力量，他们的研究及著作，如吴云的《两罍轩彝器图释》.潘祖荫的《攀古楼彝器款识》，吴大溦的《恒轩所见所藏吉金录》和陈介祺的《篮斋吉金录》都代表了当时的最高水平，极大地推动了整个行业的发展。
陈介祺（1813-1884），字寿卿，号斋，山东潍县人十九世纪最著名的收藏家之一。他官至翰林院编修，一生酷嗜古物，收藏宏富，又精墨拓，生平爱好三代金石文字，与吴式芬、吴云为友，相互商定，尤能发前人所未发。著有《斋吉金录》、《十钟山房印举》、《簋斋藏古目》等。其还以最早收藏毛公鼎（内壁铭文多达497字）及一大批商周青铜器及秦汉古印而名播天下。从1872年至1882年十年间，吴云与陈介祺鱼雁频繁，两位金石挚友交流金石碑拓、彝鼎汉印，同道互契，推诚相见，后世传为佳话。咸丰六年（1856）吴云刊的《二百兰亭斋考藏金石记》，两罍文图释中考释以陈颂南（庆镛）2篇为准，到同治四年（1865）编的《两罍轩彝器图释》.吴云采纳了陈介祺对两罍的考释，可见陈氏精审渊博，胜于同俦。吴云对陈介祺推崇备至，在写给陈氏的信中称：
“执事收藏雄富，尤绝古今，犹博访广搜，孜孜不倦，遂使墨林玮宝不胫而至”。他对吴大澂说，“当今金石之学定推寿卿，收藏之富，尤绝古今”；对潘祖荫说，“论海内收藏之富，如吾斋兄者，不特当世无匹，直欲空前绝后”。吴云与大收藏家陈介祺每月通信一二通，内容皆涉及摹刻三代文字。
潘祖荫与吴云是姻亲，潘祖荫的堂弟潘祖颐是吴云的女婿。
吴云与潘祖荫每月通信多者三四通，少者一二通，“金石外无语”。潘祖荫（1830-1890），字伯寅，号郑盒，清代吴县人。咸丰二年（1852）进士。授编修，历任侍读学士、工部尚书、军机大臣等。著有《滂喜民斋丛书》《攀古楼彝器款识》等。潘祖荫是古玩字画大收藏家，图书金石收藏甲于吴中，闻名南北，在收藏界，人称“潘神眼"。他还是一位成就卓越的金石收藏家与研究家，他收藏的国宝级文物大盂鼎、大克鼎，现藏在故宫博物院，是我国青铜器至尊、顶尖的藏品。潘祖荫与潍县陈介祺被并誉为“南潘北陈”。吴云赞其曰：“执事读破万卷，动位正隆，余事所及，足以领袖群贤，主盟坛坫，而犹孜孜不倦，虚怀采纳，求之古今名臣中，当与欧阳公、阮文达抗席争辉。”
吴大激（1835-1902），字止敬、清卿，号恒轩，别号愙斋、白云山樵。江苏吴县人。进士出身，官至广东、湖南巡抚。中日甲午战争中兵败革职。清末金石学家，古文字学家他收藏古物甚丰，善于将实物与文献相对照来研究金石文字。
著有《愙斋集古录》《恒轩所见所藏吉金录》《古玉图考》等。
吴大激与吴云也有30多年金石文字之交，他曾坐馆吴云家商榷文史、研考名迹。
济（1768-1848），原名汝霖，字顺安，号叔未，晚号眉寿老人，室名八砖精舍，浙江嘉兴人。嘉庆三年（1798）解元。清代金石学家、书法家。精金石考据之学，尤擅长文物鉴赏，收藏鼎彝、碑版、书画甚丰。著有《金石文字》、《清仪阁所藏古器物文》、《清仪阁金石题识》《清仪阁古印偶存）等。
吴云与张廷济亦是忘年交，虽张廷济年长43岁，但两人交往相当密切。张廷济的长孙敬仲曾受业于吴云，故吴云与张廷济有“通家之谊”，且清仪阁的文物古玩，后大半归吴云所有。
《两罍轩藏器目》著录吴云收藏有青铜器60件，如册册父乙鼎、庚午父乙鼎、邾公轻钟、禄康钟、伯颧父鼎、师田父尊鱼父已尊、父丁彝、齐侯罍、父虎戊卣、庚卣、师酉敦、惠敦伯到敦、祖辛觚、父辛觚、手执中觚、鱼觚、父辛爵、父已觯、双爵父辛觯、庚觯、举丁觯、吴父王壶、爱盉、虢季子壶伯舂盉、芮太子盦、鲁伯俞盦、齐侯區、齐侯盘、高阳左戈、瞿、朕作矛、农器、秦度量残铜等。
《二百兰亭斋考藏金石记》
分4册，共收藏自商至唐金石铜器共41件，第一册有商代鼎、彝、卣、觚、壶、爵、觯14件；第二册记录周齐侯罍1件重器，对其铭文作了颇为详细的考证；第三册有周汉时期的卣、官钩、敦、簋、尊、鬲、觯、盘、瞿、壶20件；第四册有汉代的锌、刁斗、钱范6件。此书由清朝学者海宁许裢用篆文题名，晚清书法家、吴云老师叶志诜作序，序中称吴云“皮藏之富，固不待言，其中吉金器半为积古斋旧物，类皆希世之宝”。
书中每件铜器都有线描器形图和铭文拓片，有尺寸说明，有释文，有考证文字，考据非常精确。如库卣铭“镀历”二篆字，从前各金石家都作“蔑历”，今吴云在书中根据许慎《说文》解释为“镬历”，足以破解千古之疑。又如“镎”之为器，《宣和博古图》记载有20种，年代都是周代，谓今世与古既远，知之者很少，周以后此器有没有流传，所以无铭文可考也。吴云以钱币上文字为根据，弥补了《宣和博古图》所载20种没有记周全的铭文。所以叶志诜总结道：“凡可订证经史者，指不胜数。凡平斋此书有功于金石之学，岂浅哉？”
《两罍轩彝器图释》12卷5册，此书收录吴云索藏的鼎彝古器103件，并进行了详细图解和文字考证。“凡一器一铭，莫不钩摹格刻；意有所疑，则博稽经史，以相证明。
此书以时间为顺序，第12卷为商代的鼎、彝、卣、爵、觚、觯、壶19件；第3卷为周代的钟、鼎、尊、彝8件；第4、5卷为周代齐侯罍2件重器，每件专卷考述；第6、7卷为周代的卣、敦、壶、簋、簫、盉、鬲、画20件；第8卷为周代盏、盘、瞿、戈、农器8件；第9卷为秦汉的度量、鼎、洗、镫、鼓、锌、熨斗8件；第10卷为汉代虎符、弩机、钱范等10件；第11卷是汉代各式钧20件；第12卷为魏晋唐熨斗、虎符、鱼符、兔符和吴越的舍利塔8件。吴云经过十余年编订考释，在咸丰六年（1856）《二百兰亭斋考藏金石记》的基础上删去石刻五种，始成此书，并于同治十二年（1873）付梓。尤为可贵的是，吴云亲自参与绘制器形图。该书扉页由朴学大师俞樾用篆书题名，书则由冯桂芬、俞樾、沈秉成作序，目录前面还有一幅两罍轩主人63岁时的画像，是吴儁为吴云所画。
吴云自序日：“爱出箧中所藏，上自商周，下讫五季，无款识者不录；涉疑似者必汰，厘为12卷。嘱世好汪岚坡茂才泰基、张玉斧上舍，精心钩摹。二君好学深思，能于器之形制、篆文不爽毫发，非直为观美也，亦藉是以助考镜之资耳。”俞樾称此书“盖于阮氏积古斋后又成一钜……其中戮瞿两器，即顾命七兵之二，历三千余年，郑孔诸大儒所不能言者，而今得见之，古器之裨益经义，为不浅矣。两齐侯罍乃君所以名其轩者，故为说加详，足补古飨礼、食礼之缺。”现代著名金石学家林钧在《石庐金石书志》卷八如是评价此书：“齐侯两罍为吉金大器，乃公所以名其轩者。故为说均特详。至于大小轻重，悉权度而并载之。诚阮氏积古斋后又一巨观也。”
